就業規則

労基へ相談、といったところでしょうか。
ただ、有休に関しては、申請したがもらえない、という事実が証明されない限り、指導が入るかどうかは微妙なところです。
（例えば、書類で有休申請したが、却下されたとか）

ちなみに、就業規則は、配布、までは行かなくても、いつでも社員が確認できるような状態にしておかなければならないことになっています。